Vamos a ver -dijo el ciego- como aclaramos esto ... 
Yo no pensé que el análisis fuera a ser tan minucioso... Asique vamos a ponernos "cafres"...
-PDC: El espacio por delante y por detrás del plano enfocado comprendidos entre el primero y el ultimo punto apreciablemente nítidos.

Tecnicamente la PDC depende de cuatro parámetros:
-Distancia focal: en este caso 105mm (para el caso del APS-C el calculador ya contempla el factor de ajuste www.dofmaster.com)
-Distancia de enfoque: En ambos 32cm (segun los exif)
-Tamaño de diafragma: en ambos f4.8 (segun exif)

Pero el cuarto, que no consideraste en este ejercicio:
-Tamaño de circulo de confusion del sensor: Si bien los diferentes fabricantes utilizan diversas fórmulas, este tamaño dependerá siempre del tamaño del sensor, en particular la medida de su diagonal dividida una constante. Como en esta oportunidad el fabricante es el mismo, la fórmula del cálculo será la misma y el tamaño del CC de la Full Frame será mas grande que el de la APS-C. En  esta la tabla la de todos los modelos calculados con una misma fórmula http://www.dofmaster.com/digital_coc.html#coccalculator
(Todo esto independiente de cualquier marca y modelo, considerando siempre calidades mínimas aceptables y reconocidas en todas las partes)

y ya que estamos:
-Macro: Todo objeto cuya imagen formada en el sensor ocupe el mismo o mayor tamaño que el sujeto fotografiado.
Vale decir que si una mosca mide 1.5cm y en el sensor forma una imagen de 1.5cm o mas grande, es macro. Sino, no. Aportando a lo que dice Antonio (ACC) si tuvieramos un sensor de 3x4 metros, entonces un elefante podria ser macro si el acercamiento es suficiente para que la imagen plasmada en el sensor fuera igual o mas grande que el animal en sí.

Ahora... salvando las cuestiones de las imágenes y alineandolas exactamente por el centro de las líneas negras, vemos que en ambos casos la PDC es perceptiblemente (y digo perceptiblemente porque se trata de lo que cada uno de nuestros ojos mire e interprete como enfocado) de alrededor de 1mm por delante y 1mm por detrás (al menos a mi me parece mas o menos eso).
Pareciera tambien la PDC es mayor en la FF que en la APS. (en la imagen de la D700 se ven tres lineas "correctamente enfocadas" y en la de la D300, solo dos, nuevamente esto me parece a mi...) y esto es correcto, debido a que el tamaño del CC de la FF es mayor al de la del sensor APS-C (Mayor CC = Mayor PDC)

En conclusión, la diferencia puede ser imperceptible o no, pero concretamente si alguno de los cuatro parámetros varia, la PDC varía.
En particular, en este caso la PDC de la D700 será mayor que la PDC de la D300 porque el tamaño del sensor es mas grande.

Respondiendo a cada una de las preguntas originales:

-Porque es mas crítica la PDC en una FX que en una DX?: porque la PDC depdende directamente del tamaño del circulo de confusion que a su vez depende directamente del tamaño del sensor.
-La relacion de reproduccion varía?: Si. Justamente del tamaño del circulo de confusion dependerá el tamaño al que se podra ampliar para imprimir nítida, siempre considerando que la distancia de observacion será la misma.
-Porque usamos siempre la equivalencia a 35mm?: Yo no lo sé. Supongo que por conveniencia, para mantener un único punto base de comparación.
-Estamos haciendo algo diferente al disparar con formato grande o chico?: Opino que nosotros no. Los fabricantes hacen cosas diferentes que luego impactan y modifican los resultados aun cuando los fotografos intentamos igualar las condiciones.

A continuacion, los Thimbs de las imágenes con diferentes cortes (click para ampliarlas):

A la mitad


diagonal de derecha a izquierda


diagonal de izquierda a derecha para ver el numero


Con una franja


Espero sirva para concluir

Saludos

yo quiero insistir en una cuestión, la pdc es la misma porque tiene que ser la misma ya que es el mismo objetivo en las dos tomas, una aps-c o dx tienes mas profundidad de campo porque para obtener el mismo encuadre  en un FF o FX a la misma distancia tienes que cambiar a una distancia focal superior, en este caso en concreto en la dx sería un 105mm y en la FX un 150mm para obtener el mismo encuadre, eso es lo que he entendido siempre y tus fotos me lo demuestran
seguramente este totalmente ofuscado y lo entienda mal  que me suele pasar   

Es así , lo entiendes bien y ademas hay que añadir que en macro la nitidez es importante y el Aps-c coge en centro de objetivo que es la mejor parte ademas te permite en Aps-c no acercarte tanto al bicho en naturaleza y también hay que tener en cuenta el costo y el peso de objetivo, todo esto comparando sensores de la misma calidad es así.

Aquí tienes una prueba de este tema donde se ven bien los encuadres a la misma distancia y a la misma abertura entre la dos camaras donde la ventaja reltiva de la D700 en macro esta en la calidad de la camara, pasa lo mismo en Canon y todas las demas marcas .

http://www.nikonistas.com/digital/notices/macro_con_d300_y_d700_2381.php

Saludos 

Antonios... Ahora si, DE ACUERDO CON TODOS!!!  
Acc, el articulo que citas justamente dice que "A mayor tamaño de sensor, mayor PDC" (ver punto 4)
Storm, clarisimo tu ejemplo. Identificar un circulo de 1mm a 4mts de distancia, es una exageración que no tiene sentido.

Cabezón como soy, armé una tabla y graficos que, calculando con fórmulas puras y duras muestran la variacion de la PDC en función de la variacion de alguno de los parámetros y manteniendo los otros respectivamente en 105mm, f4.8, D 32cm y CoC 0.02mm

Llevando a los extremos cada uno de los parámetros (y manteniendo los otros fijos) efectivamente y como dicen solo tres son representativos:

Distancia de enfoque 1mm hasta 12000mm: PDC casi cero hasta 2513mm (Variacion de 0 a mas de 2 metros y medio) 
f desde 1.0 hasta 90.5: PDC 0.25mm hasta 22.62mm (variacion de casi cero a mas de 2 centimetros y medio.  aunque sera dificil encontrar un f90  )
Focal desde 10mm hasta 310mm: PDC 209mm hasta 0.01mm (variacion de 21cm a casi cero. a mayor D focal, la PDC se acerca a cero) 
CoC 0.001mm hasta 0.04mm: PDC 0.06mm hasta 2.4mm (aun pagando una Phase One 65 con sensor de 54x40, apenas incrementamos 2mm y medio la PDC). 

Si alguien quiere la planilla, me la pide y la comparto.

Personalmente agradezco a los que participaran de esta discusión y pido disculpas si alguno se ofuscó o me puteó. A mi, me sirvió para aclarar algunos conceptos y fijar otros  . 

Saludos

Claro si de lo que se trata es de obtener las misma pdc, del ángulo y del acercamiento aparente ya estaríamos hablando de otra cosa puesto que lo que se representa en un ff y en uno menor es lo mismo salvo esas insignificantes diferencias del CC que es más de cuestión de agudeza visual, no matemáticamente establecida con exactitud, que óptica al ser la misma que ambos casos.

Y es que desde que se comentó y pude tener una ff me volvía loco buscando diferencias a la hora de disparar y no la encontraba, salvo que a la hora de editar había que cortar si quería obtener el mismo plano o magnificación en caso de macro que es donde mejor se aprecia el efecto pero que también es aplicable al resto de ópticas siempre que que no se alteren los parámetros ya citados.

Saludos